Abb. 216: Bildung eines Dendrogramms. Im oberen Teil dieser Abbildung sind die letzten 11 Aminosäuren des Cytochrom c aus vier Lebewesen zusammengestellt. Die Zahlen geben die Positionsnummern an (Zusammenstellung aus dem Vergleich mit den Pflanzen). Jeder Buchstabe steht für eine Aminosäure. Die Ketten werden so übereinandergestellt, dass der maximale Grad an Übereinstimmung entsteht (Alignment).
Aus den Unterschieden der Aminosäuresequenzen kann die im mittleren Teil der Abbildung dargestellte "Differenzmatrix" erstellt werden. Sie gibt für jedes denkbare Paar der untersuchten Lebewesen die Zahl der unterschiedlichen Aminosäuren im Protein oder im Proteinsegment an. Diese Differenzmatrix ist frei von Interpretationen.
Unten: Ein aus der Differenzmatrix konstruiertes Dendrogramm. Der Abstand von Spitze zu Spitze (nur die vertikalen Linien zählen!) entspricht den paarweisen Distanzen (vgl. Pfeile). Für jede Distanz ist nur jeweils ein Beispiel angegeben: grün: 1 Aminosäureaustausch, rot 2, blau 3. In diesem einfachen Beispiel ergeben sich keine widersprüchlichen Distanzen; je mehr Taxa einbezogen werden und je unterschiedlicher die verglichenen Sequenzen untereinander sind, umso weniger leicht lassen sie sich normalerweise in eine Topologie "pressen".