Abb. 218: Ein Beispiel für widersprüchliche Dendrogramme je nach zugrundeliegenden Genen bzw. Proteinen. Verglichen wurden 36 Proteine von Mensch, Fruchtfliege, einem Fadenwurm und einer Hefe. Setzt man die Hefe an die Wurzel, können theoretisch drei verschiedene Cladogamme konstruiert werden. Die verschiedenen Proteine unterstützen alle drei möglichen Cladogramme. 24

Proteine sprechen für Möglichkeit A, 11 für B und ein Protein für C. Möglichkeit A entspricht der konventionellen Interpretation der Stammesgeschichte. Handelte es sich dann bei den anderen Ergebnissen nur um "störendes Rauschen"? Eine genauere Betrachtung der Daten zeigte, daß die homogen, also mit ähnlicher Rate evolvierenden Proteine Baum B ergaben, heterogen evolvierende dagegen Baum A. Dies würde bedeuten, daß ungleiche Evolutionsraten (und nicht Abstammungsverhältnisse) dafür verantwortlich waren, daß die Mehrzahl der Proteine Baum A unterstützte. Welcher ist nun der "richtige" Baum?
Nach Mushegian et al. 1998